Madagascar julkaistiin DVD:lle marraskuussa 2005 ja sen mukana on lyhytelokuva varsinaisessa elokuvassa esiintyneistä pingviineistä.
Elokuvan hahmot ovat esiintyneet myös 24-minuuttisessa Madagascarin joulu -animaatiossa.
Juoni:
Neljä eläintä asustaa onnellisina New Yorkin eläintarhassa. Alex-leijona, Marty-seepra, Mellman-kirahvi sekä virtahepo Gloria. Marty on kuitenkin kyllästynyt elämään eläintarhassa, ja haluaisi karata ”villilään” eli luontoon. Toiset vastustavat ajatusta, mutta siitä huolimatta Marty pakenee kaupunkiin. Toiset lähtevät etsimään häntä, mutta kaikki neljä eläintä jäävät kiinni. Ihmiset päättävät siirtää eläimet toiseen eläintarhaan ja kuljettavat heidät laatikoissa laivalla meren yli. Nelikon laatikot kuitenkin putoavat laivasta, pienen pingviiniryhmän vallatessa se päämääränään Etelämanner.
Eläimet päätyvät Madagaskarille, jota asuttavat vain makit ja fossat. Makit liittävät nelikon laumaansa, mutta Alex villiintyy täysin viidakossa ja alkaa käyttäytyä luontaisesti. Hän on ainoa lihansyöjä, ja hän on vaarassa vahingoittaa ystäviään nälissään. Alex pakenee saaren toiseen päähän, mutta ystävät palaavat hakemaan häntä. Hän kuitenkin on asettunut ilkeiden fossien alueelle, ja kaikki ovat vaarassa päätyä niiden ruuaksi. Alex kuitenkin hyökkää fossien kimppuun ja pelastaa ystävänsä. Alex on niin pelottava, että fossat pakenevat kauas viidakon syvyyksiin jättäen muut eläimet lopullisesti rauhaan. Ystävykset ovat iloisia ja Alexkin oppii syömään kalaa. He päättävät palata rantaan tulleella laivalla kotiin Amerikkaan, mutta viimeisenä repliikkinä yksi pingviineistä sanoo: ”Pitäisikö kertoa heille, että bensa on loppu?” Näin elokuva päättyy.